Двухступенчатая система подготовки специалистов в МИТХТ им. М.В. Ломоносова предусматривает освоение образовательных программ неполного высшего образования (1-2 курсы) и бакалавриата (3-4 курсы) с последующим присвоением степени бакалавра и выдачей диплома о базовом высшем образовании. Выпускники бакалавриата выполняют и защищают итоговую квалификационную работу. Квалификационные работы на звание бакалавра, выполняются студентами не только на кафедре ХТБАС, но и в ряде академических институтах: ИБХ РАН, ИНЭОС РАН, ИМБ РАН, ИОХ РАН, ИХФ РАН, Институт Физической химии и Электрохимии РАН, Институт Биохимической физики РАН, Центр Фотохимии РАН.
Бакалавриат дает базовые знания в области химии и технологии биологически активных соединений, методы их получения и исследования, а также понимания биотехнологических процессов. При подготовке бакалавров важными представляются вопросы терминологии, классификации биологически активных соединений, то есть химическая "грамотность", которая на данном этапе определяет приоритет степени бакалавра техники и технологии. Лабораторный технологический практикум в рамках плана бакалавриата направлен на овладение методами и технологиями получения биологически активных соединений, что позволяет в дальнейшем качественно выполнить квалификационную работу на соискание степени бакалавра.
За время обучения по программе бакалавриата по направлению 550800 “Химическая технология и биотехнология” (срок обучения 4 года) студенты получают фундаментальную подготовку по естественно-научному и инженерно-технологическому циклу учебных дисциплин высокого уровня.